La formazione cambia pelle in estate: arrivano a Milanello Gilardino, Jankulovski, Kalac, Vogel e Vieri, ma salutano il Club due attaccanti come Crespo e Tomasson, al pari di Pancaro e Dhorasoo, mentre Brocchi e Abbiati partono in prestito. A dettar legge in campionato è ancora la Juventus, ma i rossoneri si distinguono per un eccellente rendimento casalingo in Serie A, frutto di 18 vittorie e un pareggio tra le mura amiche. Il bottino finale è di 88 punti, che non bastano per ricucire del tutto lo svantaggio accumulato dai bianconeri. A fine stagione, il Club viene penalizzato di 30 punti e declassato quindi dalla seconda posizione alla terza, e ciò costringerà i rossoneri a iniziare la stagione seguente dai preliminari di Champions League.
In Champions League la squadra è nuovamente protagonista di un cammino entusiasmante. Dopo il girone vinto con Schalke 04, PSV e Fenerbahçe - 3 vittorie, 2 pareggi e una sconfitta - i rossoneri superano il Bayern Monaco agli Ottavi di finale (con uno splendido 4-1 nel ritorno a San Siro) e il Lione campione di Francia ai Quarti, prima di fermarsi in Semifinale contro il Barcellona, che vincerà poi la competizione contro l'Arsenal.